교육부가 등록금을 교육환경에 투자하지 않고 수년간 과다하게 남긴 사립대들에게 불이익 대신 오히려 수백억 원의 예산을 몰아준 사실이 감사원 감사를 통해 적발됐다. 학생들의 등록금을 관행적으로 이월한 탓에 각종 교육지표가 평균 이하인데도 교육당국으로부터 무려 80억원 이상 지원받은 사립대도 있어 정부의 대학 재정지원사업 자체가 부실하게 운영된다는 비판이 나온다. 국회 교육문화체육관광위원회 소속 유기홍 의원(새정치민주연합, 서울 관악갑)이 교육부와 감사원으로부터 제출받은 자료를 분석한 결과, 전국 12개 사립대가 3년 연속(2010~2012회계연도) 교비회계상 교육비 규모가 등록금 수입보다 적은 것으로 나타났다. 12개 대학은 백석대학교, 경민대학교, 광양보건대학교, 동서울대학교, 동양미래대학교, 동우대학, 두원공과대학교, 백석문화대학교, 서정대학교, 수원대학교, 진주보건대학교, 한북대학교 등이다. 이는 곧 등록금을 교육비에 투자하지 않고 지속적으로 남기고 있다는 것을 뜻한다. 실제 이 기간 동안 전국 사립대의 교육비 환원율은 118.2%이나 이들 대학은 79.9%를 기록할 정도로 교육환경 개선이나 투자에 인색했다. 이렇다 보니 '교육의 질'은 다른 사립대들과 비교했을 경우 열악한 수준을 면치 못했다. 문제가 된 대학들의 교원보수와 교내장학금, 연구비는 사립대 평균치보다 각각 17.6%포인트, 4.2%포인트, 2.9%포인트나 낮았지만, 이월금 규모는 평균 219억6557만원(2012회계연도 기준)이나 됐다. 특히 현행 '사립학교법 제32조의3 제2항'에는 교육부 장관이 사립대의 이월금이 과다한 경우 이를 줄이기 위한 시정요구 등 필요한 조치를 할 수 있게끔 명시돼 있다. 그러나, 교육부는 '등록금 잉여대학'에 대한 제재는 고사하고 △동양미래대학교 △동서울대학교 △진주보건대학교 △예원예술대학교 △포항대학교 등 5개 대학에 228억8000만원의 정부 예산을 쏟아 부었다. 심지어 동양미래대학교는 83억1000만원을 지원받기도 했다. 감사원은 “교육부는 사립대들이 등록금을 학생 교육비로 집행하지 않아도 재정지원사업에 참여하거나 국가장학금 지원 등에서 어떤 불이익을 주지 않았다”며 “교육비로 더 많은 지출을 유도하고 이월금을 줄이기 위한 시정요구 등의 대책도 세우지 않았다”고 지적했다. 또한, 유기홍 의원실은 교수들 사이에서“교육부의 여러 재정지원사업을 따져보면 비리대학도 선정되는 등 일관성이 없다”, “이 때문에 사립대들이 로비로 수십억 원을 따왔다”는 뒷말이 나오고 있다고 전했다. 유기홍 의원은“무려 3년이나 등록금을 남긴 대학에 막대한 정부 예산을 투입한 것 자체가 교육부의 직무유기”라면서“교육당국은 등록금을 이월한 대학에 재정지원을 할 수 없게끔 제도적 장치를 마련해야 한다”고 지적했다.

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